Музей истории диоцезии создан в 2001 при Курии архиепископства Каунасского. Он размещается на втором этаже здания, которое курия в это время занимала. В 2006 первый этаж помещения занял Каунасский городской музей. В том же году в этот музей влился в качестве отдела Музей истории диоцезии. Экспозиция музея состоит из выставки литургического искусства (живопись); выставки, посвященной истории подпольного католического информационного бюллетеня "Хроника Литовской католической церкви" ("Хроника ЛКЦ"), и мемориальной квартиры кардинала Винцентаса Сладкавичюса. После включения в состав Каунасского городского музея предметы и документы, экспонируемые в отделе, оставаясь в собственности архиепископской курии, переданы на временное хранение музею. Экспозиция, посвященная истории "Хроники ЛКЦ", создана к 30-летнему юбилею издания по инициативе архиепископа Каунасского Сигатаса Тамкявичюса, бывшего политзаключенного, организатора и многолетнего редактора этого издания. Открыта 19 марта 2002. Материалы и документы, находящиеся в экспозиции, переданы архиепископом С. Тамкявичюсом и представляют часть его личной коллекции. (Информация на июнь 2010.)