Во вводном разделе экспозиции представлены материалы общеобразовательного характера, связанные с пактом от 23 августа 1939 года, обстоятельствами его заключения и ближайшими его последствиями. Далее — пять тематических разделов: репрессии периода «первой советской оккупации» (1940–1941), репрессии первых лет «второй советской оккупации» (с 1944), послевоенное вооруженное сопротивление, ненасильственное диссидентское (прежде всего католическое) сопротивление 1960–1980-х годов, борьба за восстановление независимости в конце 1980-х.
Кроме того, в музее экспонируется самодеятельная живопись членов общественных организаций, поддерживающих музей и пополняющих его коллекции: паневежских отделений Саюдиса, Вселитовского общества политзаключенных и ссыльных и др.
Будучи филиалом, собственных фондов хранения, за исключением документов Саюдиса, музей не имеет. Все материалы, на которых строится экспозиция, хранятся в Паневежском краеведческом музее, где коллекции по темам «репрессии», «сопротивление», «Саюдис» выделены в отдельные фонды; имеется фотоколлекция, документальный и предметный фонды, книги и картины; создан тематический указатель к этим фондам.
Часть коллекции оцифрована; музей располагает компьютерным терминалом, через который эта часть коллекции может быть представлена посетителям.
