Музей отражает историю развития университета на протяжении 125 лет. Экспозиция выстроена хронологически. Тема истории репрессий представлена фрагментарно в разделе «Университет в 1917–1941 годы», в основном в биографиях сотрудников университета, арестованных и осужденных в разные годы.
Сбор материалов по теме начат в 1992 году по инициативе декана исторического факультета университета, сопредседателя Томского «Мемориала» Б.П.Тренина. Материалы активно собирала профессор кафедры палеонтологии и исторической геологии Валентина Антоновна Ивания (1913–1994), опубликовавшая несколько очерков о репрессированных геологах. В фондах музея собраны в основном биографические материалы о репрессированных ученых, работавших в ТГУ: фотографии и документы, в том числе биографические фонды: профессора кафедры палеонтологии В.А.Хахлова, профессора кафедры петрографии А.Я.Булынникова, арестованных в 1949 году по «красноярскому делу» и находившихся в заключении до 1954 года (к сожалению, в постоянной экспозиции эти факты их биографии не нашли отражения).
