Тема истории репрессий и Гулага в настоящее время разрабатывается по двум направлениям: репрессированные сотрудники Томской милиции и сотрудники спецкомендатур. В экспозицию включена временная выставка в двух витринах – издания по теме и биографические материалы, связанные с судьбой семьи конструктора М.Т.Калашникова, находившегося в Томской области в ссылке с родителями.
По инициативе директора музея – майора милиции в отставке Ю.Н.Тяпичева и В.А.Мурзина в 2003 году начат сбор материалов по истории репрессий в архиве УВД Томской области, государственных архивах. В 2006 году планируется открытие экспозиции, посвященной репрессированным сотрудникам Томской милиции. Уже подготовленные материалы – стенд «Репрессии», находившийся в экспозиции в 2004–2005 годы, – в настоящее время хранятся в фондах музея.