Тема истории политических репрессий представлена в постоянной экспозиции «Сибирь советская. Штрихи к портрету. 1917–1941 годы» с разделами: «Гражданская война – трагедия народа», «НЭП: приобретения и потери», «Красное и белое движение», «1920-е: жестокая политическая диктатура», «Судьба крестьянства, коллективизация и трагедия раскулачивания», «Край в 1930-е годы», «Борьба с религией и верность религиозной традиции», «Судьбы интеллигенции».
Выставочные проекты по теме: серия выставок «"Сибирь Советская", штрихи к портрету», «Возвращение из небытия» (2001). Межрегиональная выставка «Немцы в истории Сибири, Сибирь в судьбах немцев» (2003).
В фондах тема Гулага не выделена, наиболее полно она представлена в коллекции документов, предметов крестьянского быта и фотографий периода коллективизации и раскулачивания сибирских крестьян (имеются протоколы собраний жителей сел и деревень с решениями о раскулачивании, описи имущества кулаков, фотографии ссыльных крестьян, первых совхозов и колхозов), фотоальбомы по коллективизации.
Фонд фотографий представлен в открытом электронном каталоге музея «Сибирь. Фото» (1500 единиц), в разделе «Советская Сибирь» тема представлена подборками фотографий под рубриками: «Раскулачивание» и «Совхоз №1 ЗВК ОГПУ», «Красный террор», «Под красным колесом» (21 страница репрессированных жителей Западно-Сибирского края).
