Теме советского террора целиком посвящен один из залов музея. В экспозиции – фотографии, документы, вещи политзаключенных и ссыльных, в том числе: записи, сделанные во Владимирской тюрьме и тайно переданные на волю; стенд, на котором выставлены фотографии ссыльных детей и документы, касающиеся их пребывания на спецпоселении; рукописный юмористический журнал на литовском языке, подпольно выпускавшийся литовцами-политзаключенными Интинских лагерей в 1955 г.; фотографии и предметы культа, представляющие религиозную жизнь в ссылке и лагере.
Экспозиция завершается второй половиной 1980-х и началом 1990-х годов: акции Саюдиса, демонтаж советской символики в городе, поиск захоронений литовцев в Сибири (Якутия), эксгумация останков погибших для перезахоронения на родине.
Экспозиция создана при активном участии Шауляйского отделения общества «Тремтинис».
В фондах музея хранятся письма участников послевоенного сопротивления из лагерей и ссылок. По материалам этих фондов музеем в 2001 году выпущена книга «Письма литовских партизан».