История политических репрессий и Гулага в Саратовском крае представлена в нескольких залах постоянной экспозиции: «Из история немцев Поволжья», «Наши знатные земляки – деятели науки и культуры», а также на отдельных стендах в исторических залах. Так, в экспозиции, посвященной «культурной революции» в Саратовской области, представлены материалы и документы по закрытию церквей, арестам священнослужителей, лишению избирательных прав. Тематический стенд содержит биографические материалы арестованных и расстрелянных в период большого террора, на стенде «реабилитация 1950–1960-х» размещены копии справок о реабилитации времен хрущевской «оттепели». В зале, посвященном войне, – стенд «Общество юных революционеров», на котором представлена история детской подпольной антисталинской организации учеников средней школы. С.Шварц, Г.Павлов были арестованы в1943 году в Саратове и приговорены соответственно к 4 и 6 годам лагерей. На стенде листовки, материалы следственного дела, письма к родителям из тюрьмы. В отдельной витрине – игрушки, грелка для чайника, рукоделие, выполненное М.Н. Кубе (Норкиной) в заключении в Саратовской тюрьме в 1941–1944 годах.
В постоянной экспозиции «Из истории немцев Поволжья» представлена история колонистов, выходцев из южно-германских земель, возникновение, история и ликвидация автономной Республики немцев Поволжья (1924–1941). В экспозиции богатая этнографическая коллекция: уклад, традиции, язык, культура, предметы религиозного культа, в том числе деревянные скульптуры, облачения священнослужителя из Саратовского католического собора Св. Клементия, закрытого в 1938 году. В разделе «Этническая высылка» – биографии и фотографии, личные вещи немецких семей, депортированных в районы Сибири и Казахстана, представлены уникальные документы: рукописные свидетельства о рождении детей в ссылке, о прохождении обряда конфирмация, венчания.
В зале музея «Наши знатные земляки» находится экспозиция биографических материалов и документов о саратовском периоде жизни Николая Ивановича Вавилова: в 1917–1921 годах он возглавлял кафедру частного земледелия агрономического факультета в Саратовском университете. В январе 1943 года Вавилов умер в саратовской тюрьме, похоронен на Воскресенском кладбище.
На совместной с Управлением ФСБ по Саратовской области выставке «”В борьбе и тревоге…”. Из истории Саратовской ГубЧК» были представлены фото, документы, награды, реликвии ЧК (декабрь 2004).
Кроме того, тему Гулага и советского террора музей представляет временными выставками к 30 октября: «Возвращенные имена» (1991–1992), «Репрессии в Саратовской области».
Формирование коллекции по теме началось в конце 1980-х годов; в отдельные фонды не выделена. Персональные фонды учтены в именной картотеке по разделам: немцы Поволжья, репрессии. Практически все имеющееся в музее материалы представлены в постоянной экспозиции.
Среди разработанных музеем тематических экскурсий и лекций для посетителей разного возраста: «Из истории немцев Поволжья» (об истории заселения края иностранцами в конце ХVIII в., особенностях культуры и быта поволжских немцев, образовании и ликвидации Республики немцев Поволжья), «Саратовский край в 1930-е годы»; «Возвращенные имена», «Жизнь и деятельность Н.И.Вавилова».
