Раздел по истории репрессий с 2000 года является одним из основных направлений поисковой и исследовательской работы музея. Гулаговская тема, как и остальные направления деятельности музея, имеет краеведческую направленность и сосредоточена на сборе материала о Ягуновском расстрельном лагере и биографических данных немецких спецпереселенцев, работавших на шахте «Ягуновская». Проводится поиск очевидцев, сбор материала у жителей поселка, переписка с родственниками расстрелянных.
Выставка «Ягуновский набат» и одноименный видеофильм созданы учениками школы в 2002 году. На 13 планшетах представлены биографические документы, фотографии и материалы из домашних архивов жителей поселка. Рассказывается история лагеря (Ягуновский расстрельный лагерь действовал в течение 4 месяцев с ноября 1937 по февраль 1938 года), история поиска, имена расстрелянных, об открытии памятника и часовни на месте захоронений.
Выставка «"Выселен(а), мобилизован(а)… снят(а) с учета спецпоселения". Советские немцы в Кузбассе в 1941–1955 гг.» создана в 2004 году. На 6 планшетах рассказаны истории немецких семей спецпоселенцев.
Коллекция музея комплектуется учениками школы в ходе сбора материалов у местных жителей, а также с помощью опросов. Здесь представлены фотографии и документы; кроме того, ведется аудио- и видеозапись рассказов очевидцев (около 15 персональных дел расстрелянных в Ягуновском лагере). Коллекция биографических материалов немецких спецпереселенцев, работавших на шахте «Ягуновская» (10 персональных дел), включает в себя копии фотографий и документов, заполненные анкеты. В архиве музея хранятся исследовательские работы старшеклассников.
Экскурсии по музею проводятся не только для учеников и учителей школы, но также и для жителей поселка. Музей и школа были инициаторами создания памятника жертвам политических репрессий в поселке Ягуновский, регулярно ухаживают за мемориальным комплексом. Ежегодно к 30 октября школьники участвуют в городских мероприятиях – организуют передвижные выставки и показ видеофильма «Ягуновский набат», выступления о поисковой работе и сбор новых материалов – во Дворце культуры и в лечебно-оздоровительном центре «Милосердие». Материалы о работе музея постоянно публикуются в газете «Школьная волна», а также в специальном издании «Вестник музея “Память”».
