Помимо постоянной экспозиции были организованы временные тематические выставки. В 2002 году – «Руки, построившие город», посвященная высланным и спецпереселенцам. В экспозиции были представлены: карта, документы по лагерю военнопленных, фотографии домов, построенных военнопленными. Материалы выставки хранятся в фондах музея. 5 октября 2005 года открыта выставка «Немцы в Сибири: строительство города Юрги и судьбы спецпереселенцев». Включает материалы 20 семей немцев-спецпереселенцев – как из фондов музея, так и принятых на временное хранение, личные вещи. На открытии присутствовал генеральный консул Германии в Новосибирске Михаэль Грау.
Коллекции по теме начали формироваться в середине 1990-х годов, материалы по истории немецких спецпереселенцев – с 2000 года. Материалы фонда упорядочены по хронологии и по темам, материалы по истории Гулага выделены. Есть 20 персональных дел, пополняемых опросами старожилов Юрги и очевидцев событий. Личные фотографии в основном находятся на временном хранении или в виде копий. Фонд документальных фотографий – хроника заводской жизни с 1940-х – поступил из расформированного в 2002 году музея Юргинского машиностроительного завода (большая часть фотографий не аннотирована). В фондах около 20 предметов быта немецких спецпереселенцев 1940-х–1950-х годов (рукоделие, посуда и др.).
Формируется персональная картотека на немцев-спецпереселенцев.
Музей ведет краеведческую работу с учениками школ города, сотрудничает с городской Станцией юных туристов, проводит ежегодные краеведческие чтения. Музей сотрудничает с Обществом Юргинских немцев «Возрождение» и с землячеством юргинцев в Германии (лидер землячества – Иосиф Церр, Ганновер). Принимал участие в открытии памятника (открыт в 2000) и в благоустройстве кладбища немцев-спецпереселенцев (2002).
