Экспозиция построена на документах, фотоматериалах и экспонатах, отражающих историю строительства Беломорско-Балтийского канала. Материалы были собраны в ходе экспедиций музея, Петрозаводского «Мемориала» и Управления ББК в зону канала, сбора личных документов у жителей шлюзовых поселков, участников Дней Памяти в Сандормохе. В конце 1990-х годов комплектование велось также за счет поиска в архивах Управления ББК, в государственных архивах Карелии, работы с личными архивами бывших сотрудников ББК. В фондах музея выделены материалы, посвященные истории ББК и массовым расстрелам в Сандормохе.

Экспозиция постоянно обновляется, производятся конструктивные изменения, дополнения.

В залах музея проводятся лекции, уроки истории, встречи. По теме строительства канала подготовлен видеоматериал, который используется на уроках и лекциях в школах Медвежьегорского района. Готовится аналогичный аудиовизуальный ряд на электронных носителях.