В настоящее время идет реконструкция музея. Первые два зала открыты 6 сентября 2004 года. Тема Гулага частично представлена в разделе «Развитие промышленности округа» на одной витрине.
Комплектование по истории Гулага ведется с 1989 года, тема выделена в отдельные фонды: фонд «Вайгачская экспедиция ОГПУ» и фонд «Репрессированные в округе» насчитывают 315 ед. хр. (основной фонд 20 ед. хр.): документальные фотографии, копии материалов из государственных и личных архивов. Особый интерес представляют предметы лагерного быта, собранные в 1990 году научной экспедицией музея на местах дислокации Вайгачской экспедиции ОГПУ (1930-1936): в поселках Хабарово, Амдерма и на острове Вайгач.