В 1989 году была открыта постоянная экспозиция «Стройка-501». Выставка была размещена в отдельном зале площадью 45 кв.м в витринах и на вращающихся стендах и рассказывала об истории железнодорожного строительства Чум-Лабытнанги-Салехард-Игарка. Были представлены материалы из фондов музея: фотографии, лагерная атрибутика (фонари, решетки, колючая проволока, карцерные двери, ящики для хранения карточек, одежда и обувь заключенных и др.). В 1991 году экспонировалась в Торонто (Канада), в 1995 году - в Москве. В декабре 1995 года в Красноярске на международном фестивале «Красноярские Музейные Биеннале» выставка получила Гран при. Экспонировалась также в музеях Ямало-Ненецкого автономного округа. В 2002 году выставка демонтирована и находится в фондах музейно-выставочного комплекса.
После закрытия постоянной экспозиции создан ряд временных выставок: фотовыставка «501 стройка: Фотографии говорят»; на выставке «Стройка-501: прошлое и настоящее» представлены материалы по истории Харбейского молибденитового месторождения, разрабатывавшегося при участии репрессированных геологов, и по истории лагерного театра; «501 стройка: История одного строительства», рассказывающая об истории строительства железной дороги Чум-Лабытнанги-Салехард-Игарка. Проводятся тематические экскурсии.
Формирование фондов началось в 1988 году с совместной экспедиции по «мертвой дороге» сотрудников музея и журналистов. В настоящее время фонд «Стройка-501» содержит более 800 предметов (решетки, двери, посуда, фонари, формы для выпечки хлеба, строительный инструмент и т.д.), 6500 документов и копий документов из центральных и республиканских архивов, включая карточки на заключенных, медико-санитарные отчеты, фотографии. Ведется сбор устной истории.
Начата работа по созданию музейного комплекса «Строительство-501», включающего фрагменты построек, перенесенные из брошенных лагерей, с консервацией значимых элементов (решетки, двери, окна, рисунки на штукатурке), а также заново выстроенные структурные элементы лагерной зоны: предзонник, ограждение, сторожевые вышки, штрафной изолятор, столовая, жилой барак и т.д. В составе комплекса предусмотрены помещение для постоянной экспозиции, научно-информационный и просветительный центр, архив, библиотека.
