Филиал комплекса «Стройка № 503» с постоянной экспозицией открыт в 1997 году в отдельном здании (3 зала общей площадью 120 кв.м). Экспозиция посвящена истории строительства железной дороги «Салехард-Игарка» в которой представлены оригиналы и копии документов, предметы лагерного быта и быта ссыльных, размещены фотографии участников строительства, их воспоминания, книги, а также ряд документов и предметов, привезённых из лагерей. Один из залов воспроизводит обстановку барака (в нем находятся подлинные экспонаты - нары, умывальник, предметы быта, одежда, обувь заключённых, Правила внутреннего распорядка). В 2003 году экспозиция дополнена материалами по истории театра заключенных строек № 501-503.
Постоянная экспозиция «История репрессий Игарского района» открыта в 1998 году в главном здании отделе истории музея. Экспозиция занимает отдельный зал (30 м2), включает оригиналы и копии документов, фотографий, предметы быта ссыльных и спецпереселенцев - жителей города Игарка и окрестностей. К 2005 году планируется обновление экспозиции.
Кроме того, Музей проводит временные выставки по истории Гулага. Среди них выставка «Крепостной театр» (1997), посвященная деятелям культуры и искусства, сосланным в Игарку, истории театральной студии заключенных. На выставке были представлены оригиналы и копии документов, фотографий, предметы быта и личные вещи заключенных, ссыльных и спецпереселенцев, театральные костюмы и реквизит. Демонстрировалась в 1999-2000 годах в Красноярске, получила диплом биеннале.
Ежегодно к 30 октября организуются временные выставки, в том числе: «Если душа родилась крылатой:» (2002), «И в Игарке сады цвели» (2003) в экспозиционно-выставочном центре библиотеке им. Горького. Экспозиции посвящены жизни деятелей культуры, сосланных в Игарку на вечное поселение. Включают оригиналы и копии документов, фотографий, принадлежавших жителям спецпоселков и г. Игарки в период 30-50 годов ХХ века, а также предметы из фондов музея.
Комплектование коллекции экспонатов, связанных с темой политических репрессий, в Игарском краеведческом комплексе началось в 1992 году. Собранные на местах дислокации лагерей инструменты и предметы быта (около 200 ед. хр.) легли в основу экспозиции по истории строительства железной дороги. В ходе разработки темы по истории спецпереселений производился поиск очевидцев, сбор материала у жителей спецпоселков и г. Игарки, переписка с бывшими ссыльными, сбор копийных документов в архивах, в том числе в управлении Северной железной дороги.
Кроме того, Игарский музей занимается установкой на территории Игарского краеведческого комплекса и города памятных досок и памятников, связанных с историей репрессий. Так, в 1997 году установлена памятная доска в память о ссыльных литовцах, в 1998 году - доска «Безвинно пострадавшим в годы репрессий. Игарчане», в 2001 году - мемориальная доска в память о почетном гражданине города Л.А. Барановском.
Музей «Вечной мерзлоты» участвует в научных конференциях, проводит культурно-просветительные мероприятия, издает книги, в частности в 2000 году выпущена книга «Стройка № 503 (1947-1953 гг.). Документы. Материалы. Исследования». «Музей вечной мерзлоты» участвует в научных конференциях, проводит культурно-просветительные мероприятия, издает книги, в частности в 2000 году выпущена книга «Стройка №503 (1947-1953 гг.). Документы. Материалы. Исследования».
